Su museo alberga una de las mejores pinacotecas del país, con fondos que abarcan cinco siglos y diferentes escuelas artísticas. Las salas recorren la historia del arte desde el Renacimiento hasta las expresiones más contemporáneas del siglo XXI, con obras maestras del arte español, italiano y flamenco.
Francisco de Goya mantuvo una estrecha relación con la Academia a lo largo de su vida. La institución conserva un conjunto especialmente representativo de sus distintas etapas, así como una colección única a nivel mundial de su obra gráfica. Para realzar este legado, la Academia ha creado el Gabinete Francisco de Goya, espacio que alberga las planchas originales de todas sus series gráficas —Caprichos, Desastres de la guerra, Tauromaquias y Disparates—, recientemente restauradas para recuperar su estado original en cobre.
Además de custodiar este valioso patrimonio, la Academia sigue siendo un referente cultural vivo en el corazón de Madrid.